特定口座には「源泉徴収あり」と「源泉徴収なし」があるので、どちらかを選択しなければなりません。
「源泉徴収あり」と「源泉徴収なし」の違いは確定申告の有無と言えるでしょう。
簡単に言いますと「源泉徴収あり」の場合は証券会社が株の売却毎に譲渡損益を計算して自動的に所得税・住民税を源泉徴収するので確定申告は不要です。
でも他の口座と損益通算する場合などは確定申告をすることも可能です。